La crypte de Saint-Savinien est l'endroit le plus ancien de l'église. C'est aussi celui qui est chargé le plus d'opacité. Les historiens sont à peu près d'accord pour dire que c'est là qu'eut lieu le premier culte chrétien de la région en hommage au Saint Sauveur, culte érigé sur un ancien temple païen. Le premier sanctuaire aurait été remplacé par un second vers le VIe ou VIIe siècle. Un corps enseveli y fut toutefois découvert en 847, présenté, bien sûr, à l'époque comme celui de saint Savinien. D'où la construction d'une première basilique à cet endroit, que suivit la construction d'une seconde basilique en 1068. En lisant les sources, il est clair que nous sommes là si loin dans le passé que les conjectures se mêlent aux hypothèses. Rien n'est sûr. Les croyants du Moyen Âge y

ont évidemment vu ce que leur foi leur demandait de voir.
La pierre d'autel (photo ci-dessus) est présentée comme l'endroit même où saint Savinien aurait expiré. Elle a été brisée en six morceaux en 1793.
On peut voir une tache sur la partie horizontale droite de la pierre d'autel, présentée comme une trace du sang de saint Savinien lors de son meurtre (!) Les sources nous apprennent que l'évêque de Cosnac demanda, en 1840, d'identifier cette tache comme étant du sang humain. Le savant chimiste Baron Thénard n'osa pas contrarier la foi brûlante de ce prélat...
Source : «L'antique basilique Saint-Savinien à Sens», Guide du visiteur