La destruction de l'abbaye. La guerre de Cent Ans et les guerres de Religion marquent le début des malheurs de l'abbaye. Les Protestants s'emparent de Déols à trois reprises : en 1567, 1569 et 1589. Ils saccagent le monastère et mettent le feu à l'église abbatiale. Une partie du chœur est détruite, mais, selon les sources, le clocher de la croisée, le narthex et les quatre clochers de la façade n'ont pas trop souffert.
Le 16 mars 1628, l'abbaye est sécularisée au profit du Prince de Condé. Celui-ci en fait une carrière de pierres. Il faut réparer les domaines du duché détruits ou endommagés et les paysans s'y emploient. On ne comptera plus les maisons, fermes, ponts et même châteaux construits avec les pierres de l'abbaye. Les sources indiquent que, vers 1643, le clocher central et une partie des voûtes de la nef n'existaient déjà plus. En 1673, le narthex était rasé. Comble d'ironie, la Révolution ne toucha pas aux ruines. À l'emplacement de l'abbaye, on voyait déjà une route, des maisons et des jardins.
Au début du XIXe siècle, d'importants vestiges subsistaient : le porche nord et ses sculptures, les deux clochers de la façade occidentale, la partie de la chapelle Notre-Dame des Miracles et le grand escalier de pierre qui y conduisait.
Source : «Église Saint-Étienne de Déols», brochure de l'Office du Tourisme.

En septembre 1844, Prosper Mérimée passe à Déols et nous donne un court témoignage de ce qu'il voit de l'abbaye dans une lettre à Ludovic Vitet, président de la Commission des Monuments historiques : «J'ai trouvé Mr Joly [l'architecte Joly-Leterme] au Bourg Dieu près de Châteauroux. Il y a là une très belle tour romane, et quelques débris d'église qui font vivement regretter la perte du reste. On a démoli en 1830 pour empêcher de tomber. Rien n'eût été plus facile, m'a-t-on dit, que de restaurer. Aujourd'hui la tour appartient à la ville, qui ne paraît pas l'apprécier beaucoup. Il y aurait quelques petites réparations à y faire, dont il faudra nous charger. Mr Joly en prépare le devis.»
Source : «La Naissance des Monuments historiques, la correspondance de Prosper Mérimée avec Ludovic Vitet (1840-1848)», édité par le Ministère de l'Éducation nationale, comité des travaux historiques et scientifiques.

Sachant que les deux clochers de la façade occidentale étaient encore debout au début du XIXe siècle, on peut déduire de la lettre de Mérimée que l'avant-dernière tour a été détruite en 1830 pour des raisons de sécurité.

Les abbayes en ruine. La campagne anglaise regorge de vestiges romans ou gothiques des vieilles abbayes d'Outre-Manche. La Reformation d'Henri VIII a causé leur perte.
En Angleterre, au XIVe siècle, l'attrait de l'idéal monastique décline fortement, phénomène que la Peste noire de 1348 accentuera encore. Seuls quelques moines vivent dans les abbayes. Les abbés eux-mêmes ont souvent été conduits, de par leurs obligations de gestionnaires des lieux, à se séculariser. Sous Henri VII (1485-1509), on se mit à penser qu'on pourrait utilement rebâtir le paysage monacal : fermer les plus petites abbayes et envoyer les moines dans les plus grandes pour les repeupler. Ceci fut fait en partie. L'Acte de Suppression des monastères pris par Henri VIII en 1536 s'attaqua aux petites abbayes, qui furent fermées. Les terres qu'elles possédaient passèrent sous l'autorité royale. Si le motif officiel était de lutter contre des lieux présentés comme des repères du vice, l'Acte fut en fait motivé par le besoin d'argent. Les envoyés de la Couronne soldèrent les comptes, renvoyèrent les serviteurs, vendirent biens et bétails et installèrent de nouveaux tenanciers. Les métaux précieux, les fournitures d'autel, les cloches, les plombs servant à la toiture, tout ce qui avait de la valeur devint propriété du roi. L'hostilité naquit un peu partout. Et surtout dans le nord du pays où elle prit la forme du «Pèlerinage de Grâce», rébellion qui fut réprimée dans le sang.
Vers la mi-1537, le roi durcit sa politique. Les moines de moins de 24 ans furent expulsés de toutes les abbayes. Aux autres il fut interdit de partir. Les moines furent incités à la délation contre leurs supérieurs, quitte à inventer... Une période de forte agitation s'ensuivit. Le but fut rapidement atteint : les abbés rendirent les lieux à la Couronne les uns après les autres. Vers octobre 1538, c'était presque au rythme de vingt monastères par mois! Il n'était plus question de «réforme» : l'État cherchait ouvertement à supprimer le monachisme et à renvoyer les moines à la vie civile avec une pension. Thomas Cromwell envoya ses agents forcer la main des abbés réticents, quitte à les exécuter quand ils s'obstinaient à ne pas rendre leur abbaye... La dernière à céder fut celle de Waltham en mars 1540. Après cette date, il n'y eut plus aucun monastère en Angleterre. À noter que cette absence allait entraîner la disparition de tous les pèlerinages. La dévotion des Anglais allait prendre une tournure nouvelle.
Faisons les comptes : tout ce qui était précieux avait été confisqué par la Couronne. Les fournitures d'autel, les habits, les chandeliers avaient rejoint les coffres royaux. Les cloches avaient été refondues sous forme de canons dans l'atelier de la Tour de Londres. Le plomb utilisé pour les charpentes avait été arraché des toits et souvent refondu sur place pour en faciliter le transport. Tandis que le bois des toits était utilisé comme combustible pour les fours... Privés de toiture et d'entretien, les bâtiments se délabrèrent rapidement. Évidemment les villageois des environs vinrent se servir en pierres, utilisant les monastères comme des carrières. Et, comme à Déols, on ne compta plus les pierres utilisées pour les routes et les maisons. D'anciens cloîtres, ou certaines parties, devinrent des manoirs ou des églises paroissiales, mais beaucoup restèrent à l'état de ruines. Néanmoins les quatorze grandes cathédrales qui étaient desservies par des moines furent sauvegardées.
Source : «Dissolution of monasteries», A Pitkin Guide - ISBN 0 85372 617 5