En 1665, Colbert du Terron crée la ville de Rochefort sur ordre de Louis XIV. La cité sera «intra-muros». Mais, hors les murs, il existait déjà un bourg desservi par une petite église du XIIe siècle. Cette église, alors dédiée à «sainte Marie», est actuellement un musée. Pour la nouvelle cité (arsenal, marins, agglomération), on construit un édifice cultuel dédié à saint Louis, édifice qui est confié aux lazaristes. Il est agrandi en 1679 et devient église paroissiale de «Rochefort-ville» le 15 août 1688. Sa dédicace officielle est «Saint-Louis de la Tour des Signaux».
Mais les lazaristes s'occupent avant tout du monde des marins, délaissant les autres paroissiens. Ceux-ci prennent donc l'habitude de fréquenter un édifice plus central : la chapelle Saint-François du couvent royal des Capucins, couvent créé en 1672 sur ordre de Louis XIV. De fait, celle-ci agit comme église paroissiale sans en avoir le statut. Vers 1704-1706, le bâtiment est agrandi grâce à une subvention royale et à la contribution du corps de ville qui y dispose déjà de sa propre chapelle avec banc de sépulture. Le clocher est bâti en 1768. À la fin du XVIIIe siècle, d'autres corps y posséderont leur chapelle : le Tiers-Ordre, les marins, les artilleurs, les chasseurs.
À la Révolution, l'église Saint-Louis est vendue comme bien national. Lequel, désaffecté, est utilisé par la marine, puis transformé en salle d'escrime pour les marins. On peut alors changer la dédicace de la chapelle Saint-François de l'ancien couvent des Capucins et la consacrer à saint Louis. Menaçant ruine, Le bâtiment est restauré dans les années 1830 et devient, officiellement, église paroissiale en 1838. Son portique monumental, sa nef aux colonnes peintes, ornées de statues, son baldaquin partiellement doré lui confèrent un cachet très «XVIIIe siècle» assez chaleureux.