Histoire et architecture interne. L'initiateur de la reconstruction de l'église, en 1277, fut Jean de Joceval, abbé de 1252 à 1278. Ce fut la première phase des travaux. On bâtit, à l'est, les deux chapelles semi-souterraines superposées (indispensables vu la déclivité du terrain), la chapelle d'axe (soutenue par ces deux mêmes chapelles), le rez-de-chaussée du chœur avec ses piles et ses grandes arcades, et enfin le déambulatoire avec ses voûtes. On s'arrêta avant le triforium. La deuxième phase des travaux intervint alors que Gaucher Dignon de Chéu était abbé de Saint-Germain (1313-1334). Furent élevés : les parties hautes du chœur, le triforium ainsi que le transept et ses voûtes.
L'architecture est classique du gothique rayonnant : élévation à trois étages, grandes arcades, triforium et fenêtres hautes. Mais, en regardant bien, on observe, dans le croisillon nord, des différences, notables pour l'historien. Le dessin de l'arcature de son triforium (photo ci-dessus) y est plus riche qu'ailleurs. Hormis la présence d'une belle rosace sur cette façade, son triforium est constitué d'une suite «d'arcs en tiers-point recoupés en deux arcs secondaires à l'intérieur d'un cadre rectangulaire» [Vallery-Radot]. On notera surtout la présence de colonnettes à chapiteaux ornées de masques (photo ci-contre). Une paire de jumelles est indispensable pour les observer. Rien de tout cela ne se voit dans le côté sud, que ce soit dans le triforium ou les fenêtres hautes. On peut donc supposer que, dans cette deuxième phase, on travailla d'abord au croisillon nord avant de monter les parties hautes du chœur, de les voûter, et de s'attaquer ensuite au croisillon sud. Pourquoi avoir opté pour une ornementation simplifiée une fois achevé le croisillon nord? Sans doute par manque de fonds. Quoi qu'il en soit, la deuxième phase de construction ne dépassa pas les deux piles ouest du carré du transept.
Par une supplique adressée au pape Urbain V en 1363, on sait que l'église fut victime d'une catastrophe : la partie de la nef préromane touchant le nouveau transept s'était effondrée. Grâce aux subsides du pape en 1366 et 1369 (pape qui lui-même avait été abbé de Saint-Germain), on put lancer la troisième et dernière tranche des travaux. Il fallait reconstruire la partie de la nef qui manquait. On éleva donc les trois travées à l'ouest de la croisée du transept. Le style choisi fut assez dépouillé : il reprenait en fait celui du croisillon sud.
En déambulant dans l'église, le visiteur peut avoir l'impression qu'il s'agit d'une nef très courte, bâtie à dessein. En réalité, c'est tout simplement l'ancien chœur des moines auquel a été incorporé la dernière travée de l'ancienne nef (détruite en 1811).
La construction de la nouvelle église s'est donc étalée sur plus d'un siècle : commencée en 1277, elle s'est achevée sous l'abbatiat de Hugues V de Barlore (1381-1408) qui monta les voûtes avant 1398 avec les subsides du Vatican. La majeure partie de l'église Saint-Germain actuelle est donc du XIVe siècle.
Sources : 1) Congrès archéologique de France, Avallon, 1907, article de Charles Porée ; 2) Congrès archéologique de France, Auxerre, 1958, article de Jean Vallery-Radot

La chapelle de la Passion du Christ, dans le croisillon nord, est fermée par une grille (voir photo ci-contre) pour garantir la sécurité de son mobilier ancien et, notamment, le magnifique bas-relief en noyer sculpté illustrant la Passion du Christ et les douze apôtres.
Cependant la grille n'empêche nullement de voir l'autre partie intéressante de cette chapelle : sa voûte ornée du tétramorphe : le Christ-Juge trône sur la clé de voûte (photo ci-desssus) tandis que les symboles des quatre évangélistes occupent les quatre voutains (ci-contre).

La voûte de la nef dans la photo ci-dessus. Les trois premières travées sont celles qui ont été reconstruites au XIVe siècle avec les subsides du pape Urbain V. La voûte de la quatrième travée (absente de l'image, mais qui serait tout en haut) provient de l'église romane.

À DROITE ---»»»
Le chœur et sa grille.
Aucune information n'a été trouvée sur la grille. XVIIIe siècle ?

La chapelle axiale, dite de la Vierge. Cette chapelle, ainsi que le passage qui la précède, est l'endroit de l'église où le visiteur doit prendre son temps et observer l'architecture.
Contrairement à ce qu'écrit Charles Porée, dans son article du Congrès archéologique de 1907, la chapelle d'axe et le déambulatoire ne sont pas, avant toute chose, l'imitation des parties correspondantes de la cathédrale Saint-Étienne. En 1958, Jean Vallery-Radot rétablit la réalité des choses : en 1277, sous l'abbatiat de Jean de Joceval, on démolit la crypte carolingienne à l'est (rotonde Sainte-Maxime), jugée pas assez robuste, et on construit deux chapelles superposées (Saint-Clément et Sainte-Maxime) sur des plans très voisins de l'ancienne rotonde ; ainsi sont posées les fondations qui vont soutenir la chapelle supérieure, dédiée à la Vierge, et le passage qui y donne accès. De la sorte, le plan de toute la partie orientale de l'église est tout simplement solidaire de celui de l'église inférieure.
Le passage qui mène du déambulatoire à cette chapelle fait ressortir une incroyable légèreté grâce à ses quatre fines colonnettes (photos ci-contre et ci-dessous). Jean Vallery-Radot écrit à ce sujet que la chapelle «est reliée au déambulatoire par une travée droite que recoupent en trois vaisseaux couverts d'une voûte commune, deux files de deux colonnes d'une extrême légèreté, saisissante réminiscence du couloir à trois vaisseaux qui reliait, à l'étage souterrain, le déambulatoire de la crypte à la rotonde Sainte-Maxime.» Ajoutons que ces colonnettes accusent 6,32 de haut pour un diamètre de 24,5 cm. Elles n'ont pas de chapiteau. La photo ci-dessous à droite donne une bonne impression de la voûte qu'elles soutiennent.
Source : Congrès archéologique de France, Auxerre, 1958, article de Jean Vallery-Radot.

Les fragments des verrières du dernier tiers du XVIe siècle.
Le vitrail est donné ci-contre. Au tympan, on observe un Père céleste dans une nuée. Dans les têtes de lancettes : deux anges musiciens. Dans la lancette de gauche : un buste de Christ en croix (donné en gros plan ci-dessous) ; dans celle de droite : le bras et la main du Crucifié, des restes de paysages et le visage de la Vierge au Calvaire.
Les fragments sont complétés par des verres colorés.
Source : Corpus Vitrearum, les vitraux de Bourgogne, Franche-Comté et Rhône-Alpes, Éditions du CNRS, 1986.