La crypte de l'église Saint-Eutrope est l'une des plus vastes et des plus belles de France avec celle de Chartres. C'est une véritable église avec nef, bas-côtés et déambulatoire. C'est aussi le monument religieux le plus ancien de la Saintonge. Des érudits en font remonter certaines parties au VIe siècle, bien qu'aucun texte ne l'atteste. Dans l'état actuel des connaissances, on l'attribue - avec l'église haute - au moine clunysien Benoît qui traça les plans vers l'an 1080. Son œuvre architecturale est magnifique : il a fait construire deux chœurs exactement superposés, desservis par une nef commune située à mi-hauteur de ces deux chœurs. Le tout avec assez d'espace pour accueillir les nombreux pèlerins venus honorer saint Eutrope et circuler aisément autour de son tombeau.
Au cours des âges, des modifications sont intervenues : la destruction de la nef en 1803 a, par exemple, changé l'aspect du fond de la crypte, près de l'entrée. La crypte a été plusieurs fois comblée, puis déblayée. Le dernier déblaiement eut lieu en 1843. À la suite de quoi elle fut rendue au culte. Lors de ces travaux, des chapiteaux romans, bien détériorés, ont été refaits, comme d'autres avaient déjà été refaits au XIIIe siècle. Cette re-création est regardée par les spécialistes comme si parfaite qu'il est très difficile de distinguer les chapiteaux du XIe siècle d'avec ceux du XIIIe ou du XIXe siècle.
Les restes de saint Eutrope reposent dans le cénotaphe depuis octobre 1843. La crypte a été classée Monument historique en 1846. C'est un monument magnifique, à l'atmosphère romane assez envoûtante, qu'il ne faut manquer de visiter si vous passez à Saintes.