Les cinq vitraux historiés de l'abside illustrent les apparitions glorieuses du Christ après sa résurrection. Ils ne sont pas issus d'une commande particulière à une époque donnée, mais font partie, avec les grandes verrières, des nombreuses commandes passées par la fabrique pour vitrer le chœur dans les années 1530-1540.
Trois d'entre ces vitraux ont un auteur connu. L'Apparition du Christ aux Saintes Femmes (baie 204), daté de 1541-1542, est dû à Guillaume Rondel, un verrier, nous disent les sources, à la veille d'intégrer la corporation des peintres. Le Noli me tangere (ou Apparition du Christ à Marie-Madeleine, baie 201) et l'Apparition aux pèlerins d'Emmaüs (baie 203) sont l'œuvre d'un autre verrier parisien, Jacques Rousseau. Ces trois vitraux ont été offerts par des marguilliers de la paroisse. Le style de Jacques Rousseau faisait que ce verrier incarnait une sorte d'«arrière-garde picturale», pour reprendre l'expression d'Étienne Hamon et de Françoise Gatouillat. Les études sur les donateurs de vitraux montrent que les gens âgés (plus de cinquante ans à l'époque) s'adressaient plutôt à lui car ils semblaient préférer son style.
Enfin, deux vitraux n'ont, à ce jour, pas d'auteur connu : l'Apparition du Christ à sa mère (baie 200) et l'Apparition à saint Pierre (baie 202)
Sources : 1) Saint-Étienne-du-Mont par Étienne Hamon & Françoise Gatouillat, éditions Picard, 2016 ; 2) Corpus Vitrearum, Les vitraux de Paris, de la Région parisienne, de la Picardie et du Nord-Pas-de-Calais, éditions du CNRS, 1978.

La chapelle de la Vierge, chapelle axiale de l'église, a connu de nombreux réaménagements. Lors de sa mise en service en 1540, elle n'occupait que deux travées. Elle a été reconstruite en 1655 selon un plan élargi : empiétement sur le petit cimetière à l'est et élévation de son ouverture sur le déambulatoire (ce qui s'est traduit par la diminution pour moitié de la verrière qui la surplombe - photo ci-dessus à gauche). On note de nouveaux réaménagements en 1738, par Godde en 1824 et enfin ceux de Victor Baltard en 1853. On peut y voir quatre toiles marouflées d'Alexandre Caminade (1789-1862) relatives à la vie de la Vierge. Parmi celles-ci, une Visitation et une Annonciation sont disposées à l'entrée (données ci-dessous). Deux grandes toiles ornent l'intérieur de la chapelle : une Adoration des mages et une Dormition. Le style de Caminade convient à merveille à cette chapelle. Par la gestuelle des personnages et le feutré des coloris, ses toiles respirent la douceur et la quiétude.
Au-dessus de l'autel, la statue de la Vierge à l'Enfant en marbre, réalisée en 1863 par Denis Foyatier (1793-1863), parachève l'atmosphère de paix de la chapelle.
Les six vitraux sous la coupole portent la griffe de Victor Baltard. Celui-ci opta pour un aménagement néo-classique et demanda à l'atelier Laurent-Gsell de créer six verrières à partir de panneaux anciens disparates, l'homogénéité de l'ensemble devant être assurée par l'uniformité du cadre et de ses bordures. On trouve ainsi une Sainte-Anne et la Vierge, un Saint-André et sa croix, saint Étienne avec une des pierres de son martyre sur la tête (réalisé avec l'emploi d'émaux car après 1600), un saint archevêque et une Vierge au Calvaire (réalisée vers 1550). Enfin, à l'entrée de la chapelle, deux inscriptions signalent l'emplacement des tombes de Pascal et de Racine. La coupole date de 1655.
Source : Saint-Étienne-du-Mont par Étienne Hamon & Françoise Gatouillat, éditions Picard, 2016.

Baie 101. Le vitrail du Très-Saint-Nom-de-Jésus a été offert, au début des années 1540, par Robert Cénalis, évêque d'Avranches et futur doyen de la faculté de théologie de Paris. Il est dû à l'atelier du maître verrier parisien, Jacques Chastellain. Deux grandes scènes en composent l'essentiel : un Baptême du Christ et une Transfiguration. Entre elles, la lancette centrale est peuplée d'anges porteurs de phylactères à la gloire du Sauveur. Le registre du bas illustre la Lapidation de saint Étienne, tandis que, sur la gauche, se tient le donateur en prières. Au tympan, une Trinité. Ce vitrail est remarquable par ses différences de style : les auteurs des cartons et les peintres ne sont pas uniques. Comme si, dans l'atelier du maître verrier, tout le monde s'était mis au travail pour satisfaire un délai court. Les sources indiquent que la Lapidation vient d'un dessin de Jean Cousin ; le très beau Baptême du Christ vient, quant à lui, d'un carton de Noël Bellemare, dessiné vers 1530 pour l'église parisienne du Temple.
Source : Saint-Étienne-du-Mont par Étienne Hamon & Françoise Gatouillat, éditions Picard, 2016.

Baie 102. La verrière de la vie de saint Étienne est due à un autre grand nom du vitrail parisien : Nicolas Beaurain. La courte vie du diacre y est illustrée par les scènes classiques : le jeune Étienne est nommé diacre ; il prêche à la foule ; il défend sa foi devant le Sanhédrin ; il est condamné ; lapidé ; son corps, laissé sans sépulture, est gardé par les bêtes sauvages ; le lendemain, des amis l'emportent pour l'enterrer. Au tympan, Étienne est accueilli par la Trinité. Nicolas Beaurain, engagé par la confrérie de saint Étienne pour réaliser ce vitrail, l'acheva à Pâques 1542. Ouvert aux innovations, ce maître verrier utilise ponctuellement des émaux pour les bleus et les violets. À noter que ce vitrail est resté à la même place (déambulatoire sud) depuis l'origine. Source : Saint-Étienne-du-Mont par Étienne Hamon & Françoise Gatouillat, éditions Picard, 2016.

Baie 105. Le vitrail de la Vie de la Vierge vient de l'ancienne église Saint-Étienne, vitrail déposé avec d'autres avant la démolition du bâtiment. Dans le courant 1541, la fabrique demanda au maître-verrier Jacques Rousseau de réinstaller dans le nouveau chœur quatre des anciennes verrières récupérées. Deux d'entre elles (baies 104 & 106) disparurent au XVIIIe siècle, mais il nous reste leurs vis-à-vis dans les baies 105 & 107 : une grande Vie de la Vierge et une Histoire de saint Claude donnée plus bas.
Les sources indiquent que «les neuf scènes d'origine [de ce vitrail] relèvent d'une production familière dans la capitale autour de 1500, inféodée à des modèles des peintres de la dynastie Dipre largement diffusés.»
Les panneaux relatant la vie de la Vierge sont des «classiques». Au registre du bas : Annonce à Joachim, Rencontre à la Porte dorée ; Naissance de la Vierge ; Présentation au Temple ; Mariage de la Vierge. Au registre supérieur : autour d'une Assomption, on trouve l'Annonciation, la Nativité, l'Adoration des mages et la Dormition. Au tympan, la Vierge couronnée par la Trinité est une création du verrier Jacques Rousseau (1541).
On retrouve une nouvelle fois, dans ce vitrail de la fin du XVe siècle, confirmation qu'aucune page du Nouveau Testament ne fait référence à la vie de Marie entre la Nativité (et la Fuite en Égypte) et la Dormition (hormis les courts épisodes des Noces de Cana et de la Crucifixion). Source : Saint-Étienne-du-Mont par Étienne Hamon & Françoise Gatouillat, éditions Picard, 2016.

Baie 107. Le vitrail de la vie de saint Claude. Comme son voisin de la baie 105, ce vitrail vient de l'ancienne église Saint-Étienne, démolie au début du XVIe siècle. Il relève d'un type de production traditionnel dans la capitale à la fin du XVe siècle. Le tympan, comme dans la verrière de la vie de la Vierge (baie 105), est une création de Jacques Rousseau.
Ci-contre, le registre du bas : naissance du saint, baptême, entrée en religion et sacre.
Au-dessus, gros plan sur deux miracles posthumes : saint Claude coupe la corde d'un pendu innocent ; saint Claude sauve un voyageur de la noyade et le fait accompagner par deux anges.
Source : Saint-Étienne-du-Mont par Étienne Hamon & Françoise Gatouillat, éditions Picard, 2016 & Corpus Vitrearum.