L'histoire de l'église Saint-Jacques-du-Haut-Pas commence au XIIe siècle. En 1180, des frères hospitaliers de Saint-Jacques d'Altopascio (i.e. de Haut-Pas), venus de Toscane, s'installent au sud de l'enceinte de Paris : le faubourg Saint-Jacques. Ils font construire un hôpital et une chapelle, hébergent les pauvres, soignent les malades et accueillent les pèlerins (la chapelle est sur le chemin de Saint-Jacques de Compostelle). Saint Louis va bientôt fonder la «Commanderie Saint-Jacques du Haut-Pas», chaîne d'hôpitaux situés sur le chemin de Compostelle.
En 1459, le pape Pie II supprime l'ordre des frères hospitaliers. Néanmoins quelques frères restent dans les lieux. En 1572, Catherine de Médicis y installe les Bénédictins de Saint-Magloire ; l'hôpital devient couvent. En 1620, les Bénédictins sont remplacés par le séminaire des Oratoriens du père de Bérulle. C'est le premier séminaire de France que l'on appelle «séminaire de Saint-Magloire». Jean de la Fontaine y séjourne comme novice. Comme les frères ne veulent plus voir les fidèles dans leur chapelle, une petite église, accolée au couvent, est érigée en 1584 pour les paroissiens.
En 1630, Gaston d'Orléans, frère de Louis XIII, s'implique dans la construction : le mur du fond est abattu, l'église est prolongée d'un long chœur (qui sera bientôt appelé la «petite nef»). Mais le quartier est pauvre, les finances sont maigres : la voûte ne sera pas construite en style gothique. La construction est lente, des ouvriers viennent y travailler gratuitement une journée par semaine. En 1633, l'église devient paroisse par arrêt du Parlement ; elle est dédiée à saint Jacques le Mineur et à saint Philippe.
Cependant Port-Royal-des-Champs est tout près. Les liens entre le monastère et l'église sont étroits. Saint-Jacques devient l'un des centres du jansénisme. En 1643, l'abbé de Saint-Cyran, maître spirituel de Port-Royal est enterré dans le chœur de Saint-Jacques.

Enfin, sous Louis XIV, la duchesse de Longueville, sœur du Grand Condé et amie de Port-Royal, apporte son soutien et sa générosité. En 1675, les travaux peuvent reprendre sous la direction de l'architecte Daniel Gittard (1625-1686) qui a construit le chœur de Saint-Sulpice. Gittard dessine le plan de la façade avec deux tours, mais une seule sera bâtie, dédoublée. Les travaux sont achevés en 1684.
Quelques années plus tard est ajoutée la chapelle de la Vierge sur les plans de Libéral Bruant (1635-1697), architecte des Invalides et de la Salpêtrière.
La vie de la paroisse sera marquée par la présence de Jean-Denis Cochin, curé pendant près de vingt-cinq ans (1756-1780). Dévoué aux pauvres, il fonde en 1780 un hospice dans le faubourg Saint-Jacques, en face de l'Observatoire. Le bâtiment prend le nom d'hôpital Saint-Jacques-Saint-Philippe-du-Haut-Pas. Le curé s'éteint 1783. Après la Révolution, il devient l'hôpital Cochin, son nom actuel.
En 1793, l'église est pillée. En 1795, la Convention l'affecte au culte catholique. En 1797, la loi décrète que tous les cultes qui le demandent auront accès aux églises. Ainsi, on attribue son chœur aux théophilantropes et sa nef aux catholiques. Elle devient Temple de la Bienfaisance. En 1803, elle est rendue au culte catholique.
Au XIXe siècle, l'effort est mis sur l'embellissement de l'église. En 1868, la chapelle de la Vierge est décorée par Auguste-Barthélemy Glaize (1807-1893), élève de Deveria.
Le mécénat privé n'est pas en reste : la famille Baudicour, présente dans le quartier depuis le XVIIe siècle, offre un maître-autel (actuellement dans le bas-côté nord) et l'embellissement de la chapelle Saint-Pierre (vitrail et tableaux). Au XXe siècle, Léon Zack (1892-1980) crée un nouvel autel à la croisée du transept.
Source : Documents affichés dans l'église.

«««--- Chapelle Saint-Pierre
Toile : «Jésus-Christ guérit la belle-mère de saint Pierre» de Denys Calvaert (1540-1619).
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Vitrail dans l'abside : «Saint Philippe» par Eugène Oudinot (1827-1189) ---»»»