Le chœur et ses vitraux. Le chœur prolonge sans modification l'élévation à trois niveaux de la nef et des murs est et ouest du transept. L'élément architectural le plus marquant du chœur est l'absence de chapelle axiale. L'axe est au contraire occupé par un pilier massif. Deux chapelles rayonnantes s'élèvent à sa droite et à sa gauche.
Seules deux baies du chœur accueillent une verrière figurative, le reste est en verre blanc, orné de petits motifs géométriques, ce qui garantit une excellente luminosité.
Les baies 101 et 102 possèdent chacune deux grands personnages datés aux alentours de 1460. Chacun tient un phylactère. Les bordures sont en partie du XVe siècle, mais les niches et leur dais ont disparu. Les compléments géométriques, réalisés par Anne Le Chevallier, datent de 1980.
Baie 101 : Jérémie et David. Baie 102 : saint Pierre et saint André.

La chapelle Notre-Dame-de-Pitié est la plus riche des quatre chapelles rayonnantes. Un retable du XVIIIe siècle trône en son centre, surmonté d'une gloire. Il abrite une toile qui doit être une copie d'un célèbre tableau de Jean Jouvenet, La Déposition de croix, tel qu'on peut le voir à la chapelle des Élus à Dijon. C'est dans cette chapelle qu'ont été rassemblés les derniers confessionnaux de style Louis XV qui subsistent du XVIIIe siècle. Ils sont embellis de médaillons et de trophées ecclésiastiques. L'autre richesse de la chapelle, ce sont les trois vitraux dans les baies 7, 9 et 11. La baie 9 est en grande partie cachée par le retable, mais n'a plus de grands personnages dans les lancettes. Le visiteur ne perd rien à ne pas la voir. Rien n'en est donné ici.

La richesse d'antan de Saint-Maclou.
Avec ses magnifiques confessionnaux qui, d'après les sources, ont coûté des sommes considérables, la chapelle Notre-Dame-de-Pitié donne une toute petite idée de ce qu'était la richesse de cette église au XVIIIe siècle.
Dans son étude pour le Congrès archéologique de France en 1926, le chanoine Jouen s'étend longuement sur l'histoire de l'ornementation de l'église. Le nouveau porte-Christ posé en 1626 fut accompagné d'un nouveau tabernacle et ciboire enrichi de tableaux de peinture plate en bosse. Une clôture de bois et cinq statues d'apôtres sur les piliers vinrent achever la décoration du chœur.
Rien ne changea durant le XVIIe siècle. En 1728, on installa 66 stalles neuves dessinées par l'architecte De France. Le sol du chœur fut abaissé de huit pouces et reçut un pavage en marbre jaspé et noir. En 1758, un nouveau porte-Christ est dressé à l'entrée du chœur tandis qu'une grande gloire dorée s'élève au fond du sanctuaire. «Dans les vingt années qui suivent, écrit le chanoine Jouen, les chapelles latérales sont l'objet d'embellissements considérables. On y lambrisse les murs, on les ferme par des grilles de fer, on y place des confessionnaux neufs (...)». Et l'on construit de nouveaux retables décorés de gloires dorées. --»»

--»» En 1774, les collatéraux du chœur sont fermés par des barrières de fer garnies d'ornements en cuivre. En 1775, l'architecte Thibault présente un devis pour repenser complètement le sanctuaire avec un nouveau maître-autel enrichi d'un contretable, sans oublier cinq piliers dûment décorés.
Le maître-autel est achevé en 1776, bientôt suivi par les piliers (l'ancien maître-autel est installé dans une chapelle). Puis, les membres de la Société de Notre-Dame de Pitié se proposent d'orner les quatre piliers du chœur (menuiserie et sculpture) comme les cinq qui délimitent le pourtour du sanctuaire (voir plan), mais à la condition que les emblèmes de la société figurent en bas-reliefs dans des cartouches à mi-hauteur des piliers. En 1777, l'argent manque. On se contente de faire dorer les anges adorateurs sculptés par Cahais sur le porte-Christ. Le même Cahais se désole pour son contretable, dont il a la charge et dont il promettait de faire «un morceau digne de mémoire.» En 1780, le financement est là et Cahaix peut poursuivre sa tâche selon les plans de Thibault. Enfin, un dénommé Le Prince peint en or et en marbre les contretables, gloire, statues d'anges, chérubins et autres personnages. Comme le souligne le chanoine Jouen, la décoration du chœur et du sanctuaire de Saint-Maclou était réellement exubérante.
Source : Congrès archéologique de France, 89e session tenue à Rouen en 1926, article sur l'église Saint-Maclou par M. le chanoine Jouen.

Baie 6, vers 1440-1450. La chapelle rayonnante de la Vierge ne mérite attention que pour ses trois grandes verrières de 6 mètres sur 2,20 mètres chacune. La baie 6 présente trois apôtres tenant chacun un large phylactère. Ils sont peints à la grisaille et au jaune d'argent dans des niches architecturales. Les fonds sont damassés et colorés de bleu à gauche et à droite, et d'ocre au centre. Le soubassement est constitué de panneaux décoratifs réalisés en 1980 par l'atelier de G. Degusseau (non donné ici).
Source : Corpus Vitrearum.

Baie 5, vers 1440-1450. Vitrail à grands personnages de 6 mètres sur 2,20 mètres.
Ils sont peints à la grisaille et au jaune d'argent sur des fonds damassés. Marie Jacobé, dans la lancette centrale, est entourée de ses quatre fils. L'un d'entre eux, à droite, offre une très belle tête restaurée (donnée ci-dessous), alors que, à gauche. la tête de profil est manifestement interpolée. La partie basse présente un assemblage de fragments divers. On y trouve des éléments d'architecture, des têtes de bonshommes, des têtes de chevaux. Un exemple en est donné ci-dessous. Le tympan, panneaux décoratifs non donnés ici, a été créé par l'atelier G. Degusseau en 1980.
Source : Corpus Vitrearum.

Baie 4, vers 1440-1450. Grande verrière de 6 mètres sur 2,20 mètres à trois lancettes trilobées. L'ensemble est peint à la grisaille et au jaune d'argent à l'exception des fonds, des damas et des nimbes. Le Christ montrant ses plaies, dont la tête est du XIXe siècle, est entouré de saint Jean-Baptiste à gauche et de saint Jean l'Évangéliste à droite (tête restaurée). La partie basse du dais qui abrite le Christ comporte une scène de Calvaire finement dessinée (donnée ci-dessous à gauche).
Le soubassement de droite est un simple assemblage de fragments, ceux de gauche et du centre conservent des traces de la scène légendaire qu'ils contenaient. Il nous en reste les deux anges qui portent une couronne dans le soubassement central (image ci-dessus) et, peut-être, les restes d'une scène de martyre avec une cuve en jaune d'argent posée sur le feu (visible en bas à droite dans le détail du soubassement donné ci-dessus). Au tympan, des fragments de prophètes, un roi, un agneau et des éléments divers. Source : Corpus Vitrearum.

L'orgue de tribune. Initialement, l'orgue, plus petit que l'orgue actuel, se trouvait sur le jubé qui fermait le chœur à l'ouest, un jubé édifié par Pierre Gringoire en 1515-1517. Les sources diffèrent sur le concepteur de ce premier orgue. Pour les auteurs de Rouen aux cent clochers, il s'agit d'Antoine Josseline et, pour les services de l'Inventaire et du Patrimoine, de Jean Gaultier. En revanche, tout le monde s'accorde sur le créateur du buffet : Nicolas Castille. Les formes artistiques de ce premier buffet suivent les normes de la première Renaissance.
En 1541, selon le chanoine Jouen dans son article pour le Congrès archéologique de France de 1926, on décide de supprimer le jubé (résultat de la Contre-Réforme qui veut rapprocher les fidèles du chœur). C'est pourquoi l'orgue est déplacé au revers de la façade occidentale. Il sera plus grand que le précédent et le nouveau buffet, repensé par l'ébéniste Martin Guillebert, s'efforcera de réemployer les éléments de l'ancien. En attendant, il faut soutenir la tribune et c'est au célèbre normand Jean Goujon que l'on s'adresse. Celui-ci crée deux superbes colonnes corinthiennes en marbre noir et blanc qui suivent les proportions énoncées par Vitruve. C'est là l'une des premières manifestations de la seconde Renaissance. ---»»

Baie 125, année 1487 et XXe siècle. C'est la seule verrière de l'église dont nous connaissons le donateur : Colette Masselin, veuve de Pierre Dufour en 1487. La famille Dufour a été la plus importante donatrice de l'église Saint-Maclou.
Les six lancettes trilobées de la partie inférieure sont malheureusement cachées partiellement par l'orgue de tribune. On peut néanmoins voir de gauche à droite : un saint moine, sainte Marguerite (avec une tête restaurée), saint Grégoire le Grand (qui est, selon le Corpus, très bien conservé), saint Nicolas (tête restaurée au XVIe siècle), une sainte tenant une croix (gros plan donné à gauche) et enfin un saint vieillard tenant un bâton. L'aspect général n'est guère attirant (beaucoup de bouche-trous, une grisaille à peine visible). Les tympans sont constitués d'étoiles insérées au XXe siècle avec des lys et des rayons.
Au-dessus, la rose, d'un diamètre de 4,50 mètres, est dans un bien meilleur état : elle a été très restaurée au XXe siècle. Le Père céleste tient une croix et se tient au milieu d'une cour d'anges et de séraphins. Vue dans son remplage flamboyant, cette cour céleste est tout à fait magnifique, mais une paire de jumelles est indispensable pour l'admirer.
Source : Corpus Vitrearum.