L'abbaye et la guerre de Cent Ans. L'abbaye cistercienne eut beaucoup à souffrir pendant la guerre de Cent Ans. En 1899, le chanoine Heinrich Denifle entreprit la rédaction d'une vaste étude sur La désolation des églises, monastères & hôpitaux en France pendant la guerre de Cent Ans d'après les Suppliques envoyées par les religieux au Vatican, suppliques qu'il a soumises à une étude approfondie pendant plusieurs années.
L'historien décrit les ravages que subit l'abbaye Saint-Paul : «Sous la conduite de Basquin du Poncet, une des bandes anglo-bretonnes parut devant Cormery le 21 mars 1358. Ces brigands s'emparèrent d'abord de la ville, mirent tout au pillage et renversèrent les maisons. On estime qu'ils en détruisirent à peu près mille [c'est-à-dire un grand nombre] ; il est certain que les rues n'existaient plus. Parmi les habitants plusieurs furent égorgés, beaucoup furent couverts de blessures, d'autres furent rançonnés ; le reste, femmes et enfants, fut emmené en prison au château de la Roche-Posay, les femmes furent déshonorées. L'église paroissiale de Notre-Dame de Fougeray fut complètement dévastée. Cinq jours après, les ennemis réussirent à entrer dans l'abbaye. La nef de l'église devint une écurie où ils placèrent leurs chevaux. Les biens, meubles et immeubles, furent occupés ; sept ou huit moines furent arrêtés ; les autres prirent la fuite. On fortifia les murs du monastère qui fut transformé en citadelle. Pour faciliter ce travail, les ennemis renversèrent une chapelle et d'autres bâtiments afin de se servir des pierres. À Cormery, pendant tout le temps que les ennemis y demeurèrent, c'est-à-dire pendant un an et demi, le service divin fut suspendu tant au monastère qu'à l'église paroissiale, ainsi que le disent les moines dans leur supplique à Innocent VI.»
Heinrich Denifle précise que les moines et toute la contrée en appelèrent à Bertrand du Guesclin pour les délivrer. Mais «les efforts de ce vaillant restèrent sans succès. Cormery ne fut évacué que vers la fin de 1359 et non au moyen de l'épée, mais à prix d'argent comme Basquin du Poncet l'exigea de l'abbé Gérard réfugié à Tours. À l'instar de plusieurs chefs de bandes, une des conditions que le bandit mit à son départ était que l'abbé solliciterait pour lui et ses compagnons l'absolution de l'excommunication.»
Pendant les premières décennies de la Guerre de Cent Ans, les chefs des bandes, puis ceux des Grandes Compagnies avaient trouvé une astuce pour se donner bonne conscience : après avoir pillé, détruit, violé et rançonné, ils acceptaient de quitter une contrée à condition que les moines obtiennent du pape l'absolution pour tous leurs crimes ! Ce qu'ils obtenaient la plupart du temps.
Source : La désolation des églises, monastères & hôpitaux en France pendant la guerre de Cent Ans du chanoine Heinrich Denifle, Alphonse Picard et fils éditeurs, 1899.