Les vitraux.
L'église Saint-François-Xavier ne bénéficie pas d'une luminosité naturelle importante bien qu'elle possède un grand nombre de fenêtres, dont deux seulement portent des vitraux figuratifs.
Datés de 1959 et créés par Marcelle Lecamp, ces derniers représentent saint Vincent de Paul et sainte Thérèse de l'Enfant-Jésus.
Les deux roses du transept, qui sont identiques, présentent des symboles liturgiques enrichis de feuilles et de fruits.
Les autres vitraux sont des compositions géométriques, souvent à base de cercles, aux couleurs assez soutenues. Le vitrail ci-dessus en donne un exemple.
Par l'intensité de leurs coloris, toutes les verrières font obstacle à la lumière du jour. Par temps gris ou en fin d'après-midi, l'église est baignée dans une pénombre prononcée qui ne fait que s'accroître tant que la lumière artificielle n'a pas pris le relais.

Le chœur de l'église.
Avec le chœur de l'église Notre-Dame-de-Lorette (Paris, 9e), celui de Saint-François-Xavier compte parmi les plus beaux de Paris.
Au-dessus de l'autel, dans les écoinçons, le peintre Romain Cazes (1808-1881) a fait figurer, à droite, Moïse tenant les Tables de la Loi et, à gauche, son frère Aaron tenant sa baguette miraculeuse (voir gros plan). Enfin, en haut, devant un Christ d'inspiration byzantine, Romain Cazes a représenté Saint François-Xavier présentant à Jésus-Christ les peuples qu'il a convertis (voir plus bas).

Le miracle de la baguette.
Le livre des Nombres, dans l'Ancien Testament, rapporte que, lors d'une sédition frappant l'unité du peuple juif errant dans le désert, certains reprochèrent à Moïse d'accaparer le pouvoir et d'accumuler trop de puissance pour lui et sa famille, notamment pour son frère Aaron, nommé par Moïse souverain sacrificateur.
Pour mettre un terme à l'excitation haineuse qui gagnait les Hébreux, Moïse ordonna aux chefs de tribu d'apporter chacun une baguette où devait être écrit le nom de sa tribu.

On ferait appel au jugement de Dieu. Le Père Céleste saurait désigner, selon le signe qu'Il lui plairait, celui qui aurait la charge de souverain sacrificateur.
Sur celle d'Aaron, on écrivit le nom de la tribu de Lévi.
Moïse fit placer toutes les baguettes dans le tabernacle (qui abritait l'Arche d'alliance).
Le lendemain, on retrouva les baguettes dans leur état de la veille, sauf une : celle d'Aaron. Sa baguette avait maintenant des bourgeons et, mieux encore, des amandes toutes mûres - car elle était en bois d'amandier.
Ce prodige fut reconnu par tous comme la preuve que Dieu voulait qu'Aaron soit souverain sacrificateur. L'animosité envers la famille de Moïse et les privilèges qu'elle pouvait s'octroyer cessa.
C'était ainsi la troisième et dernière fois que Dieu marquait sa préférence pour Aaron dans sa charge.
Source : «Histoire ancienne des Juifs» de Flavius Josèphe, aux éditions Lidis-Brepols, 1981.