À l'emplacement de l'église Saint-Nizier se dressait autrefois une petite église dédiée à saint Maur. En 582, les reliques de saint Nizier sont apportées de Lyon et disposées dans Saint-Maur. Les travaux de construction de l'église actuelle s'étalent de 1528 à 1619. L'église est consacrée dès 1542 sans que la nef soit couverte (elle ne le sera qu'en 1582).
Saint-Nizier de Troyes est globalement de style gothique. Les deux premières travées de la nef, le portail occidental et le portail nord sont de style Renaissance. Sa voûte est remarquable par sa variété de nervures.
L'église comprend une magnifique collection de vitraux du XVIe siècle sur les thèmes principaux du christianisme : Passion, Calvaire, Résurrection, Pentecôte, vie de saints et de saintes, arbre de Jessé, Apocalypse, Jugement dernier, etc. Un grand nombre est reproduit dans cette page et dans la galerie des vitraux en grand format.
Saint-Nizier abrite aussi une splendide Mise au tombeau ainsi qu'un célèbre Christ de pitié et une Piéta très expressive, trois œuvres issues de l'école troyenne de sculpture au XVIe siècle.