Cet événement violent de 1561 revêt une grande importance. En attisant la haine, en provoquant des meurtres, il fait partie des «petits» déclencheurs des guerres de Religion qui ont gangréné la France au XVIe siècle. On en donne ici le déroulement selon deux sources : le Bulletin de la Montagne Sainte-Geneviève paru en 1904 et la relation - assez partisane - rédigée par un huguenot dénommé Condé, présent lors de l'événement. Condé appelle les catholiques, les «mutins». Parmi eux se trouvent les desservants de l'église (curé, prêtres, moines, etc.), tous très remontés contre les protestants.

Le contexte. Nous sommes en décembre 1561. François II, fils aîné de Henri II († 1559) et de Catherine de Médicis, est mort d'une mastoïdite à l'âge de seize ans, l'année précédente. Son frère cadet, Charles IX, lui a succédé au mois de décembre. Il a dix ans et règne sous la férule de sa mère. Neuf mois après sa montée sur le trône, le colloque de Poissy (septembre-octobre 1561), qui voulait étudier les possibilités d'un rapprochement théologique entre les catholiques et les protestants, s'est clos sur un échec. Néanmoins, Catherine de Médicis et son principal conseiller, le chancelier Michel de L'Hospital, tiennent à la paix et à la réconciliation. Édits de pacification et amnisties se succèdent dans un climat général qui reste cependant à la confrontation larvée.
En vertu du dernier édit, les protestants ont le droit de se réunir dans quelques faubourgs de Paris : à Popincourt ; près de la porte du Temple ; au faubourg Saint-Jacques ; enfin, au faubourg Saint-Marceau dans un hôtel appelé le Patriarche. Le faubourg Saint-Marceau est inclus dans le périmètre de la paroisse Saint-Médard. Et le Patriarche se trouve... à une ruelle de distance de l'église. Ce détail va mettre le feu aux poudres.
Le tumulte commence par un événement relaté par Condé. Le Bulletin de 1904 ne le rapporte qu'à titre d'hypothèse et en soulignant bien qu'il vient d'un calviniste, en l'occurrence Condé. Tout bien considéré, cette hypothèse semble bien réelle et conduit à penser que le tumulte est le résultat d'une provocation délibérée des catholiques.

Les faits. Trois ou quatre jours avant le tumulte, écrit Condé, les calvinistes tiennent leur office religieux au Patriarche, un office qui inclut prières, psaumes chantés et «exhortation», c'est-à-dire explication par un prédicateur d'un texte de la Bible. Pour troubler la réunion (toujours selon Condé), les prêtres de Saint-Médard font sonner leurs cloches à toutes volées. Les protestants vont alors trouver les clercs de l'église et la discussion s'engage. Finalement, étant les moins nombreux, les prêtres sont contraints de faire cesser leur vacarme. Pour Condé, ces derniers refusent toute solution amiable et ne cèdent que devant la menace de la force.
Le clergé de la paroisse voit dans ce recul une humiliation, un «crève-cœur». Et il décide de se venger.
La décision est arrêtée : à la prochaine assemblée huguenote, les clercs referont leur tintamarre, mais, cette fois, en étant les plus forts ! À cette fin, ils anticipent et accumulent les «munitions» : pierres ; arbalètes ; épées ; «rondelles et long-bois». De plus, ils demandent aux gens les plus séditieux de la paroisse de leur prêter main-forte..

Ce n'est pas pas encore suffisant. Le clergé de Saint-Médard veut un appui «officiel». Les présidents «messieurs le Premier et Saint-André» et le procureur général Bourdin donnent leur garantie. Ils font même passer la consigne : «Ruez, frappez, tuez, n'espargnez personne ; nous avons bons garans, et des plus grans de la ville.» Rappelons qu'il s'agit pour tous ces gens d'empêcher la tenue d'un culte autorisé par un édit royal, donc de s'opposer au roi... Quoi qu'il en soit, l'information se répand et les huguenots du quartier finissent par comprendre qu'ils feraient bien de ne pas se réunir au Patriarche le samedi suivant. Pourtant ils ne cédent pas. Peut-être savent-ils que les chefs du guet regardent les réformés d'un très bon œil, une sympathie qui va d'ailleurs se révéler décisive...
À Saint-Médard , prévoyant du grabuge, les prêtres ont mis en lieu sûr la plupart des objets du culte (reliques, ciboires, calices, chasubles, etc.), une précaution qui convainc le huguenot Condé que l'affaire était un coup monté par les catholiques. Le Bulletin confirme d'ailleurs cette étrange mise à l'abri : les commissaires enquêteurs retrouveront tous ces objets dans les maisons voisines quelques jours après le tumulte.
Condé relate encore un point intéressant : les édits autorisaient les huguenots à tenir leurs assemblées dans des endroits précis, mais uniquement les jours ouvrables. Évidemment, la plupart des fidèles étant au travail, les salles n'étaient guère remplies. Aussi les réformés présentèrent-ils une requête pour avoir le droit de prêcher les dimanches et les jours de fête. À Paris, écrit Condé, ce droit, d'abord refusé à cause de la menace de troubles, fut accordé peu avant Noël 1561.

Poursuivons le récit de Condé. Les prêtres de l'église sont décidés à en découdre, mais ils savent - ce que le narrateur ne rappelle pas vraiment - qu'ils agissent contre les ordres du roi. Ils ont donc besoin d'un maximum de soutiens. C'est pourquoi on sonnera le tocsin pour rameuter les secours des paroisses de Notre-Dame-des-Champs, de Saint-Victor et de Sainte-Geneviève. Condé n'explique pas comment on peut entendre le tocsin dans un vacarme de cloches... Il nous faut donc imaginer le tableau : le vacarme fait affluer les protestants ; puis il s'arrête pour laisser sonner le tocsin qui, à son tour, fait affluer les gros bras catholiques ; et il reprend... À moins qu'il soit vraiment possible, en 1561, de percevoir le tocsin dans un vacarme de cloches...
Ici s'arrête le «préambule» de Condé.

Arrive le samedi 27 décembre. Dans la salle du Patriarche, les fidèles se rassemblent en nombre car le jour est chômé. Condé, qui est présent dans la salle, parle d'une foule de douze à treize mille personnes, ce qui n'est guère crédible. Le Bulletin parle de deux mille personnes, chiffre toujours élevé, mais plausible vu le jour chômé et la rareté des salles de prières ouvertes aux huguenots. L'office se déroule : prières, psaumes chantés, puis «exhortation» du prédicateur. Celui-ci ne parle pas depuis un quart d'heure, écrit Condé, que les cloches de Saint-Médard, signalant la fin des vêpres, déclenchent le tintamarre et couvrent sa voix. Il est aux alentours de trois heures de l'après-midi.
Deux huguenots, accompagnés d'autres fidèles, s'en vont trouver les prêtres pour leur demander «humblement» [Condé] de cesser ce bruit afin que «si bonne compagnie ne fust empeschée d'ouir la parole de Dieu» [Condé]. La réponse est : non ! Les cris fusent ; on sonnera quand même ! Il faut dire que l'église est pleine : en plus du jour chômé, les fidèles sont réunis pour l'office de la Confrérie de dévotion à saint Jean l'Évangéliste. Les «mutins» [les catholiques] ne tardent pas à fermer toutes les portes, prenant au piège l'un des deux parlementaires qui est aussitôt massacré à coups d'épée et de gourdin.
Selon Condé, on jette des pierres et on tire à l'arbalète ; le tocsin retentit [le vacarme a donc cessé?]. Aussitôt les «mutins» accourent des paroisses voisines. Mais, en apercevant une petite troupe d'hommes à cheval qui s'approche de l'église, ils préfèrent s'enfuir. Il n'y aura donc pas de secours extérieur.

Au Patriarche, dans la foule, se trouve un dénommé Rouge-Oreille, prévôt des maréchaux et commis du gouverneur. Assisté de quelques archers, il est là pour veiller à la quiétude du culte, mais il va se montrer favorable aux réformés. Il envoie l'un de ses hommes pour demander au curé, de par le roi, de respecter l'édit et faire cesser le vacarme. L'émissaire est accueilli par une grêle de pierres. Condé relate que Rouge-Oreille se déplace ensuite lui-même et qu'il reçoit le même accueil. En fin de compte, les huguenots, qui étaient prêts à jouer l'apaisement [Condé], prennent le mors aux dents. «Mêlés à une foule de gens sans aveu dont le quartier regorgeait» [Bulletin], ils se dirigent vers l'église et en défoncent la porte. La découverte du cadavre de leur parlementaire, écrit Condé, excite leur esprit de vengeance. S'ensuit une rixe générale dans la nef et les chapelles à coups de gourdins et d'épée (en 1651, le chœur n'a pas encore été construit). Le Bulletin de 1904 écrit que les protestants «saccagèrent les autels, brisèrent les verrières, forçèrent [sic] les tabernacles et firent main basse sur tout ce qu'ils rencontrèrent.» Un boulanger qui essayait de sauver un ciboire et les hosties consacrées qu'il contenait est tué au pied du maître-autel.

De son côté, Condé est beaucoup plus mesuré dans les exactions commises par les réformés. Il insiste au contraire sur la furie des prêtres qui montent sur les autels, brisent les images pieuses et les jettent sur les assaillants. Le narrateur, qui n'est pas huguenot pour rien, se demande d'ailleurs ce qui est le plus scandaleux : briser une image pieuse ou l'adorer comme le font les catholiques...
Pour le Bulletin, les catholiques, à force d'énergie, auraient eu l'avantage sans l'arrivée d'un renfort huguenot inattendu : les hommes du guet montés sur leur chevaux et commandés par un dénommé Gabaston, favorable aux réformés. (C'est vraisemblablement la troupe qui a mis en fuite les renforts des paroisses voisines dont parle Condé). Au lieu de mettre un terme à ce carnage sanglant comme c'était leur devoir, les gens du guet rentrent dans l'église à cheval, l'épée à la main, et assaillent les catholiques.
Condé ne rapporte rien de ces faits graves. Il écrit, dans un style concis, que les huguenots, plus nombreux, repoussent leurs adversaires et que le guet, arrivé après la bataille, met en état d'arrestation tous les gens qu'il peut.

Revenons au Bulletin. Avec les hommes du guet contre eux, les catholiques sont débordés. Certains s'enfuient, d'autres se réfugient dans le clocher où sont stockés des projectiles. De là, ils arrosent les huguenots de pierres, tandis que d'autres continuent de sonner les cloches. Depuis les combles, les jets se multiplient en direction de la nef. Enfin, sous la menace de mettre le feu au clocher, les derniers résistants catholiques se rendent.
La rixe a duré une bonne demi-heure. Il y a environ cinquante tués ou blessés. Entre-temps, d'autres cavaliers et d'hommes à pied sont arrivés. La sonnerie des cloches a fait descendre les gens dans les rues. La foule est donc nombreuse à voir passer les prisonniers. Catholiques et protestants sont conduits au petit Châtelet, liés deux à deux, tous tenus par une longue corde. Ils sont encadrés, d'un côté, par une colonne du guet, de l'autre, par la foule. En tête du cortège, Gabaston et la moitié des chevaux ; en queue, le prévôt Rouge-Oreille avec le reste des montures.

Le tumulte, qui se solde par une victoire des réformés, connaît un rebondissement le lendemain dimanche 28 décembre 1561. Le matin, les huguenots, armés pour répondre à toute provocation, suivent l'office au Patriarche, puis rentrent chez eux. Mais, du côté des catholiques, quelques prêtres, encore excités par les troubles de la veille et qui ont fui avant l'arrestation, rameutent les séditieux  du faubourg [Condé], investissent le Patriarche, détruisent tout et y mettent le feu. Tout cela, écrit le Bulletin, «sous l'œil bienveillant des autorités». Alertés, quelques gentilshommes arrivent à cheval et mettent les catholiques en fuite. Arrivent aussi le «procureur du roy en Chastelet» et quelques sergents à qui l'on remet six ou sept prisonniers. On réussira néanmoins à éteindre le feu qui, selon le Bulletin, était loin d'avoir tout consumé.
Les représailles appelant les représailles, les protestants, quand ils apprennent l'incendie de leur salle, reviennent à Saint-Médard pour y détruire ce qui reste à détruire. Un fait dont Condé ne dit mot.

Conclusion. Qui est responsable du tumulte ? Y a-t-il eu préméditation et provocation de la part des catholiques ? Bien sûr, chaque parti se renvoie la balle. Néanmoins, deux faits troublants sont à prendre en compte : 1) les instruments du culte ont été soigneusement mis à l'abri avant le 28 décembre ; 2) les pierres et les traits d'arbalète ont été accumulés dans le clocher et ses combles. Les deux faits sont prouvés. Le premier anticipe une rixe sérieuse et veut éviter la casse ; le second prépare la bataille.
Le Bulletin, qui est plutôt pro-catholique, rapporte que «les huguenots s'attaquaient de préférence aux monuments religieux. Ce que l'art a perdu à leurs barbares dévastations est incalculable.»
Rappelons ici qu'au XVIe siècle l'«art» importe peu. Les fidèles ne s'intéressent pas à la beauté des œuvres. Seuls les symboles comptent. Sur le fond, le commentaire du Bulletin se rapporte en fait aux événements tragiques des années qui vont suivre car, en décembre 1561, rien de vraiment grave ne s'est encore produit.

Les rédacteurs de ce même Bulletin se demandent si ce tas de pierres n'était pas une précaution contre la menace de destruction de leur église. Pour se justifier, ils rappellent en note qu'en 1560 les protestants avaient détruit une statue du Christ au fronton de la porte principale de l'hôpital de Lourcine, situé dans la paroisse Saint-Médard. Un scandale s'en était suivi, aboutissant à une procession réparatrice. Après ce bris, toujours selon la note, le clergé de Saint-Médard avait de quoi se montrer méfiant. L'argument n'est guère convaincant. On ne voit pas en quoi le bris d'une statue à l'extérieur d'un bâtiment non consacré annoncerait la destruction des églises dans les mois suivants. En tout état de cause, c'est insuffisant pour écarter la thèse de la préméditation : les pierres ont été accumulées en prévision de la réaction huguenote au vacarme des cloches dûment orchestré..

Les suites du tumulte seront tragiques. Passé le temps de l'émotion, les curés de Paris se mirent à craindre pour leur église. «Le desservant de la paroisse Saint-Paul demanda de l'artillerie, écrit le Bulletin, et l'archiprêtre de Notre-Dame implora main-forte pour la défense de sa cathédrale.» La victoire des réformés fit monter la haine à un niveau encore jamais vu. De Saint-Germain-en-Laye où ils se trouvaient, Charles IX, la reine-mère, le roi de Navarre et sa femme revinrent en hâte à Paris. Catherine de Médicis ordonna une enquête et exigea qu'on punît les coupables.
Selon les principes de l'époque, c'est la prévôté qui devait gérer ce genre de rixe. Condé écrit que les catholiques portèrent l'affaire devant le Parlement «afin de leur estre faict droict sur les meurdres, emprisonnement, vols de chapes, calices et ornemens de l'église.» Pour le Bulletin, c'est le Conseil du Roi, dans un véritable déni de justice, qui écarta la prévôté. Le Parlement nomma deux commissaires, l'un catholique, l'autre protestant... qui montrèrent autant de parti-pris l'un que l'autre pour leur religion respective. Les coups se neutralisaient ; les mois passaient sans aucun résultat. Michel de l'Hospital espérait que le temps effacerait tout. Mais pas les Guise qui voulaient venger l'honneur de l'Église.
Le Parlement écarta la responsabilité des catholiques qui furent tous relâchés. Des témoins, protestants, furent jetés en prison ; de nombreux autres, toujours protestants, durent payer des amendes considérables (d'ailleurs mises à profit pour agrandir le chœur qui en était toujours à l'état de plan).
Deux hommes furent condamnés à mort : un certain Pierre Créon qui, selon des témoins, avait tué le boulanger au pied du maître-autel, et le dénommé Gabaston reconnu coupable de n'avoir pu empêcher le sac de Saint-Médard. Le premier fut pendu aux Halles en mai 1562. Le second, chevalier du guet, fut décapité en place de Grève au mois d'août suivant. Ce même mois, quatre huguenots, dont un père et son fils, furent pendus devant l'église.

Les calvinistes, excédés par ces sentences, réagirent très mal. Certains essayèrent de provoquer un soulèvement, mais y renoncèrent : à Paris, les catholiques étaient beaucoup plus nombreux qu'eux.
À la suite de ces événements, le Patriarche fut fermé. L'église le fut aussi à cause de la profanation. On la rouvrit le 17 mars 1562 pour être purifiée. Le 12 juin suivant, une somptueuse procession, qui comprenait la fine fleur du clergé français, partit de la cathédrale Notre-Dame vers Saint-Médard où fut célébrée une messe expiatoire.

Malheureusement pour les défenseurs de la paix, la haine se déchaîna. La messe expiatoire du 12 juin fut suivie d'une soixantaine d'assassinats de huguenots, égorgés ou noyés. Les appels au meurtre des calvinistes du haut des chaires se multipliaient. Plus tôt dans l'année, le 1er mars, le massacre de Wassy avait déclenché la première des huit guerres de Religion. En avril 1562, un ordre du roi commanda de brûler tous les prêches des protestants dans les faubourgs de la capitale. La violence ne faisait que commencer.