Bien qu'il soit composé de trois portails, le bas de la façade de l'église Notre-Dame n'emprunte rien au style gothique. Les portails sont en plein cintre (photo ci-dessus) avec un intrados décoré de caissons à rosaces. Les profondes voussures forment des porches. Quant aux culées (qui séparent les portails), elles reçoivent des colonnes ioniques et des entablements corinthiens. Le style Renaissance continue dans le tympan du portail central avec deux séries de trois niches à coquilles. Notons encore que toutes les statues de la façade ont été brisées en 1793. Sur le trumeau du portail central, la Vierge à l'Enfant, avec un saint Jean-Baptiste qui offre une corbeille de fleurs (photo ci-dessus), a été placée après la Révolution.

---»»» question : qui a construit la partie basse? Vallery-Radot répond tout simplement : Jean Chéreau père ! Il y aurait eu deux Jean Chéreau, le père et le fils. À ce titre, un historien de la ville de Joigny (entre Sens et Auxerre), rapporte dans ses Mémoires, datées de 1723, que l'église Saint-Jean à Joigny a eu deux architectes : les Chéreau père et fils. On est donc conduit à penser que, à Villeneuve-sur-Yonne comme à Joigny, le fils a succédé à son père. Et que Jean Chéreau père est l'auteur des trois portails de l'église Notre-Dame. Mais Jean Vallery-Radot reconnaît que les preuves formelles de cette thèse manquent.
On peut aussi faire remarquer que la construction de la façade de l'église Notre-Dame s'est étalée de 1551 à 1597, c'est-à-dire sur quarante-sept ans. Si les marguilliers de l'église avait confié cette tâche à un jeune novice de vingt ans, celui-ci en aurait eu soixante-sept à la fin de la construction. À cette époque, c'était un âge déjà avancé. Avec plus de vraisemblance, on peut penser que la conception et la responsabilité de la construction de la façade d'une église de cette importance n'ont pu être données qu'à un architecte disposant déjà de quelque expérience. Supposons-le âgé de trente ans. Cela lui en donne soixante-dix-sept à l'achèvement des travaux. Âge canonique à cette époque, et presque encore aujourd'hui. Ce qui conforte l'hypothèse de Jean Vallery-Radot sur les deux Chéreau, père et fils, auteurs de la façade de l'église Notre-Dame.
Source : «L'achèvement de l'église Notre-Dame aux XVIe et XVIIe siècle» par Jean Vallery-Radot, Congrès archéologique de France, 66e session, Auxerre, 1958.

La chapelle Saint-Nicolas est fermée par une clôture dont le soubassement est sculpté de motifs marins : saint Nicolas est le patron des mariniers. On remarquera notamment la nef, qui est en fait un cogge, sur le bas de la porte en bois. La chapelle est embellie par le vitrail de la Légende de saint Nicolas (XVIe siècle).
De ce vitrail, on donne ci-contre le panneau illustrant la naissance du saint : il put se mettre debout tout seul le jour même de sa naissance. Ci-dessous, Nicolas apaise la tempête. La verrière contient un panneau de la pêche miraculeuse (Nouveau Testament), étranger à la légende du saint.

La Mise au tombeau de l'église Notre-Dame a une particularité : le Christ est en bois et il n'est pas proportionné aux autres personnages. Une note dans l'église attribue cette mise au tombeau à Jean Gougeon (qui participa à la décoration du Louvre). L'œuvre serait donc datée du XVIe siècle, à l'exception du Christ, en bois et plus petit, qui serait du XIVe siècle. Cette mise au tombeau associe tous les personnages traditionnels de la scène. Entourant Joseph d'Arimathie et Nicodème, on voit au deuxième plan, de gauche à droite : Marie-Madeleine, saint Jean, la Vierge, Marie Salomé et Marie, épouse de Cléphas.

Le vitrail de la Crucifixion a été donné par le prévôt de Villeneuve, Claude Dindelle, en 1529. Il est aujourd'hui incomplet. Le Christ en croix manque dans la partie centrale. Détail remarquable : la Vierge et saint Jean, qui adoptent leur attitude habituelle dans les Crucifixion, sont ici encadrés par une élégante architecture en pierre blanche. La jolie Piéta de la lancette centrale vient d'une chapelle du côté nord. Source : Les vitraux de l'église N-D par Jean Lafond, Congrès archéologique de France, Auxerre, 1958.

Le vitrail de la Vie de la Vierge est sans conteste le plus beau de l'église. Les restaurations y sont légères. Au-dessus des scènes de la naissance de la Vierge et de sa mort, on voit une Assomption enrichie d'un décor de grisaille en camaïeu bleu du plus bel effet. Au premier plan, les apôtres. Photo ci-dessous.

L'Arbre de Jessé est daté, dans la base Palissy, du XVe siècle, mais il est donné du premier quart du XVIe siècle par Jean Lafond dans son article sur l'église Notre-Dame paru dans le recueil du Congrès archéologique de France, 66e session, Auxerre, 1958.
Cet Arbre de Jessé apparaît assez désordonné. Il est évident qu'il a été restauré et enrichi par des panneaux venant d'une autre verrière (vraisemblablement contemporaine de l'Arbre). En effet, aux rois de juda, l'Arbre de Jessé de l'église de Villeneuve ajoute, toujours campés sous des niches blanches, des prophètes barbus et des sibylles. On constate - avec regret - que le XIXe siècle s'est donné le droit de refaire les visages de la plupart des rois de Juda, ainsi que ceux de David et de Salomon.

---»»» saint Jean «et ses cheveux balayés par le vent» (voir à droite).
Le panneau ci-dessus représente-t-il les papes de la Renaissance? Sont-ils pris dans les tourments de l'enfer? Les coiffes sont-elles des tiares? Jean Lafond y voit la coiffe des doges de Venise. On optera plutôt pour des papes en train de prier pour leur salut (comme le fait l'un deux). Si la position du panneau est conforme au dessin initial, ils sont plus proches du ciel que de l'enfer. Il leur reste une chance...

---»»» La lancette de la Vierge est enrichie d'un dais de pierre qui limite la surface de l'arrière-plan bleuté. Saint Jérôme est accompagné de son lion dont les pattes ressemblent à celles d'un sphinx. Au-dessous, le donateur est présenté à la Vierge par son saint patron. Dans le panneau opposé, deux anges portent les armoiries d'un évêque : l'écusson à trois clés est surmonté d'une tiare.

Le vitrail des «deux saintes couronnées» pose problème. Jean Lafond (Congrès archéologique, Auxerre, 1958) s'étend sur la qualité des lancettes : «Les écoinçons et les lancettes sont garnis d'une très belle grisaille rehaussée de jaune d'argent, dont les fleurs et les feuilles du rosier, les feuilles et les glands du chêne fournissent le décor. Les bordures sont faites de couronnes et de fleurs de lis sur un filet de couleurs.» Il ajoute qu'il y avait une figure dans chaque lancette. Mais, à présent, on n'en voit plus que deux. Ce sont «des saintes femmes couronnées, peintes en camaïeu dans des niches de damas bleu et rouge.» Sont-elles d'origine? Rien n'est sûr : elles ont perdu leur dais et leur état est plutôt mauvais. Jean Lafond ajoute en note que, à la suite d'une restauration au XXe siècle, l'une est devenue sainte Madeleine et l'autre sainte Catherine. La présence de jaune d'argent rattache le vitrail, au plus tôt, au XIVe siècle. Et Jean Lafond fait remarquer que, si les figures des saintes sont externes à la verrière, on pourrait très bien aussi les rattacher au début du XVe siècle.
Le tympan, ci-contre, représente la Trinité : le Père Céleste, assis sur un trône, tient le Crucifix. Les lobes de la rose contiennent les symboles des évangélistes.

---»»» le chœur. On les trouve ainsi dans les cathédrales d'Orléans et d'Auch ainsi que dans les églises de Redon et de Carcassonne.
Les vitraux de l'abside sont modernes et consacrés à la vie de Marie. Ils ont été posés en 1901. En 1805, un orage de grêle a malheureusement détruit les vitraux du XIIIe siècle du côté sud et à l'abside. Seuls subsistent quatre grandes verrières du XIIIe siècle sur le côté nord (voir plus bas).

Les trois chapelles rayonnantes sont remarquables par la pureté de leurs lignes et l'harmonie qui s'en dégage. On remarquera ci-dessus le parti pris par l'architecte du XIIIe siècle : les ogives des voûtes des chapelles et du déambulatoire retombent sur des colonnettes et sur des chapiteaux à crochets dont le tailloir est polygonal. L'ensemble crée une belle impression de légèreté. Quant aux passages en anse de panier entre les chapelles, Lefèvre-Pontalis, dans son étude de l'église en 1907, écrit que c'est une disposition très rare, sauf dans quelques églises gothiques du Midi de la France.

Un violent orage de grêle cassa les vitraux de l'abside et du côté sud en 1805. Le côté nord, épargné, est le seul côté actuel à proposer des vitraux du XIIIe siècle. Jean Lafond indique qu'ils sont dans l'ensemble authentiques, mis à part le Saint Jean l'Évangéliste (ci-contre) qui est moderne. Tous ces vitraux ont subi une restauration dans les années 1938-1939. L'environnement des personnages (saints et saintes) est constitué de grisaille où les rinceaux de lierre et de trèfle s'entremêlent. Parfois, le motif est plus sophistiqué, comme cet aigle stylisé qui se répète dans les losanges qui entourent un roi assis (voir la 2e photo ci-dessous). Les grisailles sont entourées d'étroites bordures de couleur. Jean Lafond conclut en ajoutant à propos du style d'ensemble de ces vitraux : «C'est le parti qui apparaît, dès le premier quart du XIIIe siècle, à la cathédrale d'Auxerre et qui prévaudra généralement au XIVe.»
Source : «Les vitraux de l'église Notre-Dame de Villeneuve-sur-Yonne» par Jean Lafond, Congrès archéologique de France, 66e session, Auxerre, 1958.

L'orgue de tribune date de la première moitié du XVIIIe siècle. À part les pots-à-feu très traditionnels sur les tourelles du grand corps et du positif, son buffet ne présente aucune sculpture en bois vraiment intéressante (ni atlante, ni ange, ni personnage, ni sculpture remarquable). En revanche, la rose occidentale, qui se tient derrière, dans la façade, mérite le coup d'œil. Elle n'offre que du verre blanc, mais l'agencement des plombs, dans la partie externe, donne la dynamique impression d'une roue qui tourne.