Architecture extérieure de l'église.
De par sa simplicité architecturale, le visiteur aura vite fait le tour de l'édifice. Les élévations extérieures latérales, armées de leurs contreforts, remontent au XVIe siècle et n'ont rien d'original. On peut noter simplement la présence de quelques modillons à têtes grotesques sur l'élévation sud, près du chevet.
Avant la reconstruction du XVIe, le clocher était séparé de l'église dont la nef était trois fois moins longue que la nef actuelle.
La façade occidentale, élevée au XVIe siècle pour fermer une nef agrandie, est de nos jours très dénudée. C'est néanmoins l'élément le plus intéressant. Le portail Renaissance présente deux colonnes (dont les chapiteaux ont un style hétéroclite) et des écoinçons ornés de rinceaux. «Le fronton rectangulaire est une restauration récente à l'identique», lit-on dans l'article d'Images et Patrimoine.
En 1900, la façade était plus riche : un oculus surmontait le portail ; la corniche, plus haute, était elle-même surmontée d'une lucarne ; enfin, le bas-côté sud débouchait sur une porte piétonne avec une baie en plein cintre et un pignon. La restauration des années 1971-72 l'a nettement appauvrie.

Architecture intérieure.
L'aspect intérieur de l'église doit beaucoup au père Cointepas, ancien curé, qui a entrepris son décapage dans les années 1960.
Une nef à quatre travées, bordée d'un bas-côté au sud et terminée par un chœur en hémicyle, présente presque partout une pierre de grès au style ancien. L'essentiel des élévations et des voûtes remonte en effet au début du XVIe siècle.
Les parties qui se rattachent au XIIIe siècle sont en bleu dans le plan ci-contre. L'église n'avait alors qu'une travée avec peut-être un chœur en supplément ; le clocher, presque séparé, n'avait en commun que la pile sud-ouest. On remarquera deux chapiteaux à palmettes (donnés à droite) qui bordaient la façade de l'église d'origine.
Les pointillés bleus représentent les murs du XIIIe siècle disparus, notamment celui qui fermait la première travée au sud.
La reconstruction du XVIe siècle fut sobre : à la retombée des ogives, les culots n'ont reçu qu'un début de moulure ; les chanfreins des grandes arcades qui ouvrent sur le bas-côté ne montrent aucun souci artistique. L'aspect du grès employé au XVIe siècle se rapproche de celui de la meulière taillée du XIIIe, ce qui rend difficile la distinction entre les deux périodes de construction dans la nef.
Détail intéressant : une litre funéraire peinte en coloris sombre court sur la partie haute du mur nord et celle du petit mur sud qui sépare la nef du bas-côté. Elle contenait des armoiries qui sont aujourd'hui très effacées et quasiment illisibles.

Les vitraux.
Hormis les deux vitraux modernes (et identiques) du chœur, la verrière de l'église Saint-Martin est due à l'atelier de Paul Nicod en 1857-1858.. Il est vraisemblable que cet artiste, qui fut élève du peintre d'histoire Paul Delaroche, habitait Jouy. Seul le vitrail des scènes de la Vie de la Vierge est daté et signé (photo ci-dessous).
Paul Nicod a réalisé sept verrières commandées par le curé de la paroisse, l'abbé Menières, au début du Second Empire : scènes de la Vie de la Vierge ; scènes de la Vie de saint Martin ; les quatre Évangélistes ; quatre apôtres ; et trois personnages dans l'élévation nord : saint Roch (donné à droite), saint Martin (donné à gauche) et saint Sébastien.
Par ailleurs, on doit aussi à Paul Nicod le tableau en demi-lune de la Vierge tenant l'Enfant-Jésus adoré par deux anges. Peut-être ce tableau a-t-il été offert par un paroissien car il est daté de 1887.
La collection Images du Patrimoine replace les vitraux de Paul Nicod dans l'Histoire du vitrail au XIXe siècle et dans l'histoire de son renouveau après le long sommeil du XVIIIe. À propos du vitrail de la Vie de saint Martin, on lit ainsi : «Par ses médaillons quadrilobés et sa bordure ornée de rinceaux d'acanthes cette verrière est un exemple précoce du vitrail archéologique inspiré des verrières médiévales. En effet, elle suit de peu la fin de la restauration des vitraux de la Sainte-Chapelle (1855) et la construction de Sainte-Clotilde, première église néo-gothique à Paris (1857). Néanmoins, le fond, en grisaille décorative, à la fois plus économique et plus lumineux, montre que le vitrail médiéval a été adapté au goût du jour.»
Un examen attentif des visages des grands personnages (saint Roch, saint Martin et saint Sébastien) permet d'approcher la technique utilisée par Paul Nicod. En effet, les visages de saint Sébastien et de saint Roch (plus bas à gauche) montrent un aspect délavé dû à l'usure du temps, semblable à l'aspect de certaines verrières de l'église Saint-Corneille-Saint-Cyprien aux Essarts-le-Roi, dans le même département des Yvelines.
Cette dernière église possède des vitraux réalisés par l'atelier parisien de Paul Bitterlin dans les années 1850. Le procédé technique est celui de la gravure sur verre ou sur glace avec de l’acide fluorhydrique. Malheureusement, passé un siècle, la couche colorée des vitraux se dégrade pour aboutir à un aspect «pelure décolorée». Voir le commentaire donné à l'église Saint-Corneille-Saint-Cyprien. Il est vraisemblable que Paul Nicod a utilisé cet acide, pourtant dangereux, mais qui devenait à la mode, pour au moins une partie de ses créations.

Saint Sébastien.
L'auteur de cette ronde-bosse en marbre d'une hauteur de 1,33 mètre est inconnu. Lors de son classement en 1907 en tant que monument historique, elle a été attribuée au sculpteur Pierre Puget (1620-1694).
Selon la collection Images du Patrimoine, cette attribution - abusive - est «un exemple et un témoignage de la fortune critique de l'œuvre du sculpteur (...)». Autrement dit, on ne prête qu'aux riches... Les érudits ont rapproché un peu vite le saint Sébastien de Jouy du saint Sébastien d'une église de Gênes réalisé en 1664 par Puget.
Cependant, poursuit Images du Patrimoine, les deux sculptures sont bien différentes. À Gênes : jambes fléchies ; yeux ouverts ; abandon pathétique. À Jouy : mains liées à un arbre ; corps nu ; tunique militaire à terre.
De par son canon court et épais, de par le traitement de la musculature et le choix de représenter un supplicié barbu, Images du Patrimoine penche pour une datation de la fin du XVIIe siècle.

Le bas-côté sud.
C'est dans cet espace un peu étroit que le visiteur pourra goûter au charme des vieilles pierres, même si le bas-côté, en majorité, ne remonte pas au-delà du début du XVIe siècle.
Les hautes voûtes d'ogives, les culots sculptés avec sobriété, l'aspect granuleux de la pierre de grès qui se marie avec la meulière taillée du XIIIe siècle donnent à ce bas-côté une atmosphère un peu mystérieuse, gorgée de secrets. Cette impression se fait davantage sentir encore dans le petit espace à deux travées contenu entre le mur gouttereau sud et le mur qui le sépare de la nef.
Le visiteur pourra s'arrêter devant la pile massive du XIIIe siècle, donnée à gauche, qui soutient le clocher ou le passage, du XIIIe siècle lui aussi, qui perce ce mur et dont seul l'arc est du XVIe.

La Diège.
Cette jolie statue en bois polychrome doit son nom à la contraction de Dei genetrix (mère de Dieu). Elle se trouvait jadis dans la chapelle du hameau de Villletain (ou Petit Viltain), sur le plateau de Saclay. Le livret sur l'église, disponible dans la nef, rapporte que la chapelle fut dotée par Charles V, en 1360, de 100 livres de rente. Les pèlerinages pour honorer la Diège avaient commencé dès le XIIe siècle, note le livret.
La chapelle finit par tomber en ruine. Dans les années 1780, la statue fut transférée à l'église Saint-Martin de Jouy. À la Révolution, elle fut mise à l'abri et cachée à Villetain, à l'intérieur d'une fenêtre murée. Ce retrait, inconnu bien sûr des autorités, peut être assimilé à un vol de précaution. La statue Notre-Dame la Brune, du XIIe siècle, à l'abbatiale Saint-Philibert à Tournus a fait l'objet d'un même vol en 1793 : une paroissienne l'a cachée chez elle et ne l'a rendue que sous le Concordat. La Diège, quant à elle, fut ôtée des mémoires et redécouverte, fortuitement lors de travaux, en 1850.
En 1863, selon l'article d'Images du Patrimoine, la statue aurait fait l'objet d'une restauration selon les principes de Viollet-le-Duc, c'est-à-dire essayer de la récupérer comme elle devait être à l'origine (!) : les parties vermoulues sont reprises ; le siège manquant est recréé ; et, plus grave au sens de la restauration contemporaine, la polychromie est refaite et le manteau bleu de la Vierge, parsemé d'étoiles...
En 1968, une nouvelle restauration a tenté de réparer les excès de la précédente, notamment en atténuant les couleurs et la dorure, jugées trop criardes, et en faisant disparaître les étoiles. De même, on décapa les visages de la Vierge et de l'Enfant (voir le gros plan plus bas).
L'analyse stylistique de cette statue la fait dater du XIIe siècle : sa forme est rigide ; les plis des robes et voiles qui la couvrent sont raides et serrés, remarque le livret sur l'église. De plus, la Vierge met en avant son Fils qui possède déjà une bonne taille. Le point le plus marquant est cependant la position de l'Enfant : debout, les pieds soutenus par deux anges, et présenté de biais. Cette iconographie, très rare, se rencontre dans une statue similaire, datée elle aussi du XIIe siècle, qui se trouve à l'église Saint-Aubin de Limay dans les Yvelines. Globalement, le style de la Diège se rapproche de celui des statues du XIIe siècle du portail de la collégiale de Mantes.

Le Christ guérissant.
Cette imposante toile d'une hauteur de 3,35 mètres est parfois présentée sous le titre : le Christ aidant les malheureux. Comme Paul Nicod, créateur des verrières anciennes de l'église, son auteur, le peintre Félix Hullin de Boischevalier est un élève de Paul Delaroche.
Selon la collection Images du Patrimoine, ce tableau méconnu, daté de 1853, s'inscrit dans le renouveau de la peinture religieuse en France au XIX siècle. Notons que le thème de l'aide de Jésus aux malheureux est assez rare. On a plutôt l'habitude de voir dans ce rôle saint Vincent de Paul ou saint Charles de Borromée.
Dans le gros plan donné ci-dessous, on remarque avec étonnement que les yeux du Christ ne fixent rien. Jésus ne regarde personne. Il donne même l'impression d'être «dans les nuages», déconnecté de l'endroit où il se trouve et des lamentations qui s'élèvent vers lui. En fait, parmi tant de détresse, il est absorbé dans son rôle divin d'intercesseur et de sauveur. Seule sa main droite, ouverte, offre du réconfort. Historiquement, il faut replacer cette scène entre «Jésus et les petits enfants» et les tableaux à grand spectacle montrant des victimes de massacres ou d'épidémies, en vogue au XIXe siècle. La scène peinte par Hullin de Boischevalier se situe de nuit ; le visage du Christ se détache de la pénombre grâce au nimbe diffus qui l'entoure. Ce choix artistique de l'auteur trahit l'influence de Paul Delaroche.

«La Charité de saint Martin».
Cette très belle sculpture en marbre est datée de la seconde moitié du XVIe siècle. Martin, officier romain, coupe son manteau en deux pour en offrir une moitié à un mendiant. Le thème était très populaire depuis le Moyen Âge.
Il est ici traité en marbre, une matière noble, souvent réservée aux œuvres savantes, et s'inspire d'éléments antiques. Martin porte la tunique d'un soldat romain ; le cheval s'inspire visiblement de celui de la statue de Marc Aurèle au Capitole.
Habituellement, on vêtissait le saint d'un costume de bourgeois ou de paysan, rappelle la collection Images du Patrimoine. On en aura un exemple dans le vitrail du XVIe siècle à l'église Saint-Étienne de Beauvais. L'église parisienne de Saint-Merry en offre un autre exemple dans un vitrail daté du premier quart du XVIe siècle. Un vitrail de 1607 à l'église Saint-Martin-es-Vignes, près de Troyes, montre un saint Martin dans une belle tenue bleue Renaissance. La baie 22, datée aux alentours de 1500, de la cathédrale Notre-Dame à Évreux offre un saint Martin portant une superbe robe typique de la noblesse. Manifestement, les gens fortunés qui offraient des vitraux voulaient ramener à eux ce symbole de la charité...
Les artistes du XIXe siècle respectent davantage l'Histoire et Martin retrouve sa tunique d'officier romain. C'est le cas à Saint-Germain-l'Auxerrois à Paris dans une fresque de Victor Mottiez. De même dans un vitrail de l'église Saint-Martin à Meudon (92). En revanche, dans le tympan moderne d'un portail de l'église Saint-Séverin à Paris, Martin est affublé du haubert de maille des chevaliers du Moyen Âge.
Dans la sculpture de Jouy-en-Josas, la position du mendiant à l'arrière du cheval permet au sculpteur d'élargir la scène en plaçant, en son centre, le bras du don et les plis du manteau. L'anatomie du mendiant, assez recherchée, n'a pas été oubliée non plus.
Le style indique clairement l'art italien de la Renaissance.
Le socle est constitué d'un double culot avec têtes d'angelots, rinceaux, moulures, grandes palmes, etc. Selon Images et Patrimoine, ces éléments permettent de le dater du premier tiers du XVIe siècle.
À l'évidence, ce socle est trop grand pour l'œuvre qu'il supporte. Qu'y avait-il donc auparavant, à la place du saint Martin ?